营业执照三年未注销，一般不会直接罚款，但拒不改正的会被罚款。依据《公司法》等规定，未办理变更登记可责令改正，并处1万至10万罚款，情节严重会被吊销执照。不及时处理可能影响企业信誉及后续经营。
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营业执照未注销应尽快处理。具体操作：1. 若企业已停止经营，准备相关资料，如营业执照正副本，前往工商局办理注销手续；2. 若仍计划经营，需按要求办理变更登记，如更新经营地址、法人信息等；3. 若因特殊原因未及时处理，收到处罚通知后，应立即按要求整改，并缴纳罚款，以避免更严重的法律后果。
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营业执照未注销的常见处理方式是及时补办注销或变更登记。选择处理方式时，应考量未注销的原因及后果，若已停止经营，建议尽快注销；若仍打算经营，需办理变更登记，以避免罚款及更严重的后果。

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